مقاله کاربردهای تکنیک DGGE

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

  مقاله کاربردهای تکنیک DGGE دارای ۸ صفحه می باشد و دارای تنظیمات در microsoft word می باشد و آماده پرینت یا چاپ است

فایل ورد مقاله کاربردهای تکنیک DGGE  کاملا فرمت بندی و تنظیم شده در استاندارد دانشگاه  و مراکز دولتی می باشد.

توجه : در صورت  مشاهده  بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل ورد می باشد و در فایل اصلی مقاله کاربردهای تکنیک DGGE،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

بخشی از متن مقاله کاربردهای تکنیک DGGE :

چکیده

محیط کشتهای انتخابی و غنی همیشه نمیتوانند تمام شرایط رشد مورد نیاز میکروبها را تأمین کنند به علاوه بسیاری از میکروارگانیسمها در مرحله فیزیولوژیک غیر فعال به سر میبرند و قادر به رشد بر روی محیطهای کشت ساخته شده نیستند. تحت شرایط بسیار مطلوب، تنها %۱ میکروبهای حاضر در یک نمونه را میتوان کشت داد.

تکنیکهای مولکولی ابزارهای جدیدی را معرفی میکنند که از آنها میتوان برای آنالیز ساختار و تنوع جمعیتهای میکروبی استفاده کرد. یکی از روشهای مولکولی نوین در بررسیهای مولکولی میکروبی، ژل الکتروفورز با شیب ماده واسرشت کننده (DGGE) میباشد. درواقع DGGE یک شیوهی انگشت نگاری مولکولی بر پایه استفاده از ماده ژنتیکی است که امکان مطالعه میکروبی بدون نیاز به کشت را فراهم میکند. این تحقیق مروری بر کاربردهای متعدد این تکنیک در حوزههای مختلف علم میکروبیولوژی میباشد.

کلمات کلیدی

DGGE، ژل الکتروفورز با شیب ماده واسرشت کننده

-۱ مقدمه

مطالعات سنتی بر پایه تکنیکهای کشت توانایی لازم در شناسایی و کمیـت سنجی تمام جمعیت های میکروبی را ندارد .[۷, ۳۶] در یک سیستم طبیعی، به طور کلی فقط ۱-۱۰ از میکرواورگانیسم های موجود میتوانند کشت داده شوند .[۳۰]

در سالهای اخیر بسیاری از روشهای زیست شناسی مولکولی برای شناسایی و مطاله میکروارگانیسمها استفاده شدهاند. این روشها، اجازه مطالعه میکروارگانیسمها را از طریق بررسی مولکولهای DNA، RNA و یا پروتئین بدون نیاز به کشت فراهم میکنند .[۳۳]

یکی از روشهای مولکولی بر پایه DNA که جهت بررسی تنوع زیستی در اجتماعات میکروبی استفاده میشود، DGGE میباشد.

PCR-DGGE شامل سه مرحله است: (۱ استخراج DNA از نمونه

(۲ تکثیر کنترل شده DNA با استفاده از الیگونوکلئوتیدهای پرایمر ویژه (۳ جدا سازی انواع توالی DNA با استفاده از DGGE

در این روش DNAی استخراج شده از مخلوط جمعیت میکروبی بوسیله پرایمرهای مخصوص قارچی یا باکتریایی به کمک PCR تکثیر می-شود. محصولات بدست آمده از PCR که از نظر تعداد باز، اندازه مساوی دارند

در الکتروفورز با ژل آگارز معمولی که جداسازی بر اساس اندازه است، قابل تفکیک نیستند [۳۵]، در تکنیک DGGE با استفاده از یک محیط واسرشتکننده که ترکیبی از یک دمای یکسان بین ۵۰ تا ۶۰ درجه سانتیگراد

یک شیب خطی واسرشت کننده متشکل از اوره و فرم آمید است، از یکدیگر تفکیک میشوند. شیب محلول واسرشت کننده میتواند قائم یا موازی با جهت الکتروفورز باشد. در ژل قائم، شیب ماده واسرشت کننده بر جهت الکتریسیته

عمود است و معمولاً طیف وسیعی از شیب ماده واسرشت کننده مورد استفاده قرار میگیرد: مثلاً %۰-۱۰۰ یا .%۲۰-۷۰ در DGGE موازی، شیب واسرشتکننده با مسیر الکتریسیته موازی است و طیف ماده واسرشت کننده باریک است، به این جهت که شرایط برای بهتر واسرشت شدن قطعات فراهم شود.

ایــن تکنیــک در زمینــههــای مختلــف علــم میکروبیولــوژی ماننــد میکروبیولوژی پزشـکی، میکروبیولـوژی غـذایی، میکروبیولـوژی محیطـی و میکروبیولوژی صنعتی به کار رفته است .[۳۴]

-۲ بررسی تنوع باکتریایی آبها:

کیفیت میکروبی آب آشامیدنی مهم است زیرا ممکن است پس از انجام تصفیه برخی باکتریها در آب باقی مانده و دوباره تولید مثل کنند. ۱ از باکتریهای آب با تکنیکهای کشت قابل ردیابی هستند .[۳۱] جهت اسـتخراج DNA، آب از فیلترهای ۰/۲۲ میکرومتری از جنس نیتروسلولزی عبور داده میشود و سپس DNA توسط روشهای متداول (فنـل- کلروفـرم، set buffer و 😉 استخراج میگردد .[۶]

بعد از مرحله استخراج DNA ، جذب و میزان خلـوص DNA تعیـین میشود. تکثیر ژن ۱۶S rDNA بـا روش PCR انجـام گرفتـه و محصـول PCR توسط تکنیک DGGE آنالیز میشود. بعد از DGGE بانـدهای هـر منطقه از نمونهبرداری جدا میگردد و تعیین تـوالی مـیشـود. رسـم درخـت فیلوژنیک از باکتریهای آب نشان داده است که برخی از این باکتریهای جدا شده برای انسان مضر میباشند.

همچنین تکنیک DGGE در بررسی تجزیه منابع زیرزمینـی آبهـای آلوده استفاده شده است. تکنیکهای ملکولی در بررسـی رسـوبات منـابع آب آلوده به اورانیوم و نیترات مورد استفاده قرار گرفته است. با تزریق دهندههای الکترون افزایشی در جمعیت باکتری های احیا کننده آهن، نقش این باکتریها در احیا کردن آلودگیها بررسی شد. ایـن نتـایج بـه همـراه کلـون کـردن و اطلاعات توالیها اهمیت اعضاء گاما پروتوباکتریها را به عنوان احیا کنندهها در رسوبات سطوح اسیدی مشخص کرد.