تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

 تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن دارای ۳۲ صفحه می باشد و دارای تنظیمات در microsoft word می باشد و آماده پرینت یا چاپ است

فایل ورد تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن  کاملا فرمت بندی و تنظیم شده در استاندارد دانشگاه  و مراکز دولتی می باشد.

این پروژه توسط مرکز تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن۲ ارائه میگردد

توجه : در صورت  مشاهده  بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل ورد می باشد و در فایل اصلی تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

بخشی از متن تایپینگ توالی چندمکانی پاتوژن :

نمونه

۱۷.۱ مقدمه

توانایی دقت تشخیص بین نژادهای پاتوژن­های عفونی برای نظارت اپیدمیولوژیک کارآمد و تجزیه و تحلیل پایشی، مطالعه ساختار میکروبی جمعیت و پویایی و در نهایت، بهبود استراتژی­های کنترل بهداشت عمومی در حال توسعه بسیار مهم است (۲۰۰۴). برای پیشبرد چنین اهداف کلی، روش­های مختلف تایپینگ مولکولی پیشنهاد شده که در بخشهای مختلف جهان، ایزوله­ها (اپیدمیولوژی همه منظوره) و یا شیوع بیماری موضعی (اپیدمیولوژی محلی) مشخص می­کند(به فولی و همکاران، ۲۰۰۹ برای بررسی نگاه کنید). با این حال، از سال ۱۹۹۸، “استاندارد طلایی” برای تایپینگ مولکولی پیشنهاد شده که تایپینگ توالی چندمکانی (MLST) نام دارد (مایدن و همکاران، ۱۹۹۸). MLST بر مبنای مفاهیم ژنتیکی خوب استقرار یافته جمعیتی و روش­های الکتروفورز چندمکانی آنزیم (MLEE) ساخته شده، اما مزایای قابل توجهی نسبت به دیگر روش­های تایپینگ دارد (بخش ۱۷.۴ را برای مزایا و هشدارها مراجعه کنید).MLST، تنوع نوکلئوتید در توالی قطعات داخلی بررسی می­کند که اغلب هفت ژن اداره کننده (هاوس کیپینگ) را در بر می­گیرد (به عنوان مثال، کدگذاری وظایف اساسی متابولیک)(بخش ۱۷.۲ برای طراحی مولکولی و توسعه MLST را ببینید). برای هر ژن، توالی­های مختلف درون گونه­ها به عنوان آلل مجزا شناخته شده و برای هر ایزوله، آلل­ها در هر یک از هفت جایگاه، مشخصات آلل ها و یا نوع توالی (ST) را تعریف می­کند. هر ایزوله به طور نامبهم توسط یک سری از هفت عدد صحیح مشخص شده که مربوط به آلل­های در هفت جایگاه هاوس کیپینگ شده است. اکثر گونه باکتریایی تغییر کافی در ژنهای هاوسکیپینگ برای تدارک تعدادی آللها در هر لوکوس مهیا می­کند و اجازه دسترسی میلیاردها پروفایل آللی متمایز برای استفاده مشخص با استفاده از هفت جایگاه می­دهد. روش دیگر، شناسایی ایزوله و ردیابی می­تواند با استفاده از داده­های نوکلئوتید به طور مستقیم انجام می­گیرد، هرچند این رویکرد بارها برای مطالعات جمعیتی بکار رفته است (بخش ۱۷.۵ برای روش­های تجزیه و تحلیل را ببینید).

The principal element in the design of an MLST scheme is the choice of genetic loci. The selection and number of loci are based on principle, precedent, and practice.

Since MLST was developed as an updated version of MLEE, which indexes variation of multiple core metabolic or housekeeping genes at the protein level, the selected loci should be within housekeeping genes encoding proteins for core metabolic functions. Furthermore, housekeeping genes are expected to be subject to the rules of neutral evolution and thus should reveal genetic relationships among strains without concern for the influence of host or environmental factors, such as might occur with a gene encoding a hypervariable surface protein subject to host immune response driven by diversifying selection or a gene under antibiotic selection. The genes should be physically spaced around the genome in order to minimize genetic linkage of loci.

As a matter of principle and practicality, multiple loci of sufficient length need to be surveyed in order to provide a high level of discrimination. The first MLST scheme was designed by Maiden and colleagues (Maiden et al., 1998) and included six, later expanded to seven, loci. Most investigators have followed this precedent and developed schemes of seven loci. The length of nucleotide sequence amplified for each loci is generally in the range of 400_600 bp and is determined largely by the parameters of automated sequencing instruments available at the time the first MLST scheme was developed in 1998. Although MLST nucleotide sequence data are currently generated by the Sanger sequencing method, pyrosequencing (Margulies et al., 2005) will likely be the method of choice in the future. The new GS FLX titanium reagents for use on the Genome Sequencer FLX instrument from the 454 Life Sciences Company are capable of generating accurate read lengths of 250_350 bp, which is sufficient for most MLST size fragments if reads are generated from both ends of the DNA strand.

Improvements in the technology should extend read length (up to 1000 bp) and increase capacity (over 1 million reads per run) in the near future. Pyrosequencing of PCR amplicons has already found numerous applications in microbiology and human genetics (Bordoni et al., 2008; Rozera et al., 2009). The design of bar codes that are incorporated at the 50 end of amplicons allows simultaneous sequencing of homologous products from multiple samples in the same run (Binladen et al., 2007; Meyer et al., 2008). Since the complexity of PCR products for MLST is very low, pyrosequencing is only cost efficient if many PCR products can be processed simultaneously.