بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول

توجه : به همراه فایل word این محصول فایل پاورپوینت (PowerPoint) و اسلاید های آن به صورت هدیه ارائه خواهد شد

 بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول دارای ۱۷۵ صفحه می باشد و دارای تنظیمات در microsoft word می باشد و آماده پرینت یا چاپ است

فایل ورد بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول  کاملا فرمت بندی و تنظیم شده در استاندارد دانشگاه  و مراکز دولتی می باشد.

این پروژه توسط مرکز بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول۲ ارائه میگردد

توجه : در صورت  مشاهده  بهم ریختگی احتمالی در متون زیر ،دلیل ان کپی کردن این مطالب از داخل فایل ورد می باشد و در فایل اصلی بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول،به هیچ وجه بهم ریختگی وجود ندارد

---

بخشی از متن بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول :

بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول

مقدمه

مدل چیست؟ مدل یعنی نمایشی ساده شده از یک پدیده که روی برخی از جنبههای یک سیستم تاکید کند و از جنبه های دیگر چشمپوشی نماید. به همین دلیل مدل کاربرد گستردهای در جنبههای مختلف زندگی انسان پیدا کرده است و نقش به تصویر کشیدن تجریدهای مختلف از موضوعات مطرح برای انسان را بر عهده دارد.

حتی ذهن هم از تصور یعنی مدل برای پرهیز از جزییات اضافی، برای فهم استفاده می کند. وگرنه برای به یادآوردن یا فهمیدن موضوعی ساده باید سالها صبر می کردیم تا تمام جزییات آن بررسی شود. شاید بتوان مدلسازی را به این شکل تعریف کرد که »مدل، نمایش تجرید است، یعنی نمود دادن جنبه های اساسی یک مساله یا پدیده است.« یعنی به بهترین شکل باید بتوان آن را برای مقصود مورد نظر بیان کرد بدون آنکه جزییاتی که ضروری نیستند، در نظر گرفته شوند.

مدلسازی و بیوانفورماتیک

بیوانفورماتیک، رشته ای نوین است و آنچنان که از نام بر میآید ،ترکیبی است از زیستشناسی و کامپیوتر.

مدلسازی به عنوان یکی از پیشرانهای موجود، در این رشته جایگاه ویژهای دارد: چون بیوانفورماتیک ،رشته ایست که کامپیوتر در آن نقش مهمی ایفا میکند. برای آنکه جایگاه این فایل و منظور از مدلسازی در این رشته مشخص گردد، نگاهی به روشهای کلی فایل در زیست شناسی مدرن، الزامی به نظر میرسد. در زیست شناسی روشهای اصلی فایلات دسته های گوناگونی دارند که معروفترین آنها عبارتند از:

• In Vivo: به انجام آزمایش در داخل یک محیط زنده گفته میشود. مثال بارز آن، انجام آزمایشهای متنوع روی حیوانات آزمایشگاهی است. معمولا در این نوع فایلات، یک گروه، به عنوان گروه کنترل انتخاب می-گردد و گروه دیگر روی آن آزمایش میشود. در پایان یافتههای هر دو گروه با هم مقایسه شده و نتایج بیان بدست میآید. آمار و مدلهای آماری در این فایلات نقش مهمی را بازی می نمایند.

In Virto: در این نوع فایلات، تفاوت عمده با نوع بالا در آزمایش در خارج از محیط موجود زنده است.

بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول
فهرست

چکیده ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….دوازده

فصل اول ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. ۱

۱-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۲

۱-۲- مدلسازی یک فعالیت طبیعی…………………………………………………………………………………………………………………………… ۳

۱-۳- مدلسازی در دنیای کامپیوتر…………………………………………………………………………………………………………………………….. ۳

۱-۴- مدلسازی و بیوانفورماتیک……………………………………………………………………………………………………………………………….. ۴

۱-۵- طرح مساله………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۵

۱-۶- اهداف و محدوده……………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۵

۱-۷- بیانی از راه حل…………………………………………………………………………………………………………………………………………………. ۵

۱-۸- ساختار ……………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۶

فصل دوم ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۷

۲-۱- مقدمه……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۸

۲-۲- نگاهی کلان به بیوانفورماتیک و مدلسازی……………………………………………………………………………………………………… ۸

۳-۲- زیست شناسی سیستمی………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۸

۲-۴- زیست شناسی سیستمی و مهندسی نر مافزار………………………………………………………………………………………………….. ۹

۲-۵- انتخاب نگاه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………۱۰

۲-۶- مدلسازی ریاضی و شی گرایی در یک نگاه……………………………………………………………………………………………………..۱۱

۲-۷- معرفی شبکه های پتری………………………………………………………………………………………………………………………………….۱۳

۲-۷- ۱- ساختار شبکه پتری …………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۱۴

۲-۷- ۲- علامت گذاری شبکه پتری ……………………………………………………………………………………………………………………………. ۱۶

۲-۸- قوانین اجرا بر شبکه پتری……………………………………………………………………………………………………………………………….۱۶

۲-۹- انواع شبکه های پتری……………………………………………………………………………………………………………………………………..۱۷

۲-۹- ۱- شبکه های پتری تصادفی …………………………………………………………………………………………………………………………… ۱۷

۲-۹- ۲- شبکه های پتری پیوسته ……………………………………………………………………………………………………………………………. ۱۹

۲-۹- ۳- شبکه پتری زماندار ………………………………………………………………………………………………………………………………………. ۲۰

۲-۹- ۴- شبکه های پتری ترکیبی …………………………………………………………………………………………………………………………….. ۲۱

۲-۹- ۵- شبکه های پتری خود-اصلاحی و عملکردی …………………………………………………………………………………………….. ۲۴

۲-۹- ۶- شبکه های پتری ترکیبی عملکردی ……………………………………………………………………………………………………………. ۲۵

۲-۹- ۷- شبکه های پتری شی گرا…………………………………………………………………………………………………………………………….. ۲۷

۲-۰۱- شبکه های پتری در بیوانفورماتیک………………………………………………………………………………………………………………۳۹

۲-۱۱- شبکه های پتری و شبکه های زیستی…………………………………………………………………………………………………………۴۴

۲-۱۱- ۱- شبکه های بیوشیمیایی …………………………………………………………………………………………………………………………….. ۴۴

۲-۱۱- ۲- شبکه های ژنتیکی ……………………………………………………………………………………………………………………………………… ۴۶

۲-۱۱- ۳- شبکه های سیگنالی ………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۴۷

۲-۲۱- نتیجه گیری فصل………………………………………………………………………………………………………………………………………..۴۸

فصل سوم …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۴۹

۳-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………۵۰

۳-۲- زیست شناسی: نگاهی نزدیکتر………………………………………………………………………………………………………………………..۵۰

۳-۲- ۱- زیست شناسی مدرن ………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۵۰

۳-۲- ۲- سلول: از بالا به پایین و از پایین به بالا ………………………………………………………………………………………………………. ۵۱

۳-۳- مدلسازی پاسخی برای پیچیدگی……………………………………………………………………………………………………………………۵۳

۳-۳- ۱- سیتوپلاسم ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………. ۵۴

۳-۳- ۲- غشای سلول …………………………………………………………………………………………………………………………………………………. ۵۵

۳-۳- ۳- گیرندههای غشا ……………………………………………………………………………………………………………………………………………. ۵۷

۳-۳- ۴- شبکه آندوپلاسمی ……………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۵۸

۳-۳- ۵- دستگاه گلژی ……………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۶۱

۳-۳- ۶- لیزوزوم ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۶۲

۳-۳- ۷- هسته …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۶۲

۳-۳- ۸- میتوکندری …………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۶۴

۳-۴- نیازمندیهای شبکه های پتری برای مدلسازی………………………………………………………………………………………………..۶۶

۳-۵- نتیجه گیری فصل……………………………………………………………………………………………………………………………………………۶۹

فصل چهارم ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۷۰

۴-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………۷۱

۴-۲- انتخاب شبکه پتری شی گرا……………………………………………………………………………………………………………………………۷۱

۴-۳- بیان غیر رسمی روش پیشنهادی……………………………………………………………………………………………………………………۷۳

۴-۳- ۱- انتخاب موجودیتهای اصلی بر اساس هستان شناسی ………………………………………………………………………………… ۷۳

۴-۳- ۲- بدست آوردن نقشهای دخیل در شبکه های زیستی به وسیله کارتهای CRC ……………………………………….. 77

۴-۳- ۳- افزودن ارث بریها ………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۷۸

۴-۳- ۴- افزودن عبارت مسیر برای محدود کردن ترتیب مسئولیتهای کارتها ……………………………………………………….. ۷۹

۴-۳- ۵- کشیدن شبکه پتری متناسب با هر کارت برای انجام مسؤلیتها ………………………………………………………………… ۷۹

۴-۳- ۶- افزودن همکاریهای هر کارت ……………………………………………………………………………………………………………………….. ۸۵

۴-۳- ۷- بازبینی مدل برای اطمینان از صحت آن …………………………………………………………………………………………………… ۸۵

۴-۳- ۸- شبیه سازی مدل بدست آمده …………………………………………………………………………………………………………………….. ۸۷

۴-۳- ۹- به روز رسانی کتابخانه نقش ………………………………………………………………………………………………………………………… ۸۹

۴-۳- ۰۱- قابلیت استفاده مجدد در مدل ………………………………………………………………………………………………………………….. ۸۹

۴-۴- نتیجه گیری فصل……………………………………………………………………………………………………………………………………………۹۰

فصل پنجم …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۹۲

۵-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………۹۳

۵-۱- ۱- رگولاسیون پروتئین G………………………………………………………………………………………………………………………………… 93

۵-۱- ۲- مرگ سلولی ……………………………………………………………………………………………………………………………………………….. ۱۰۰

۵-۲- نتیجه گیری فصل…………………………………………………………………………………………………………………………………………۱۱۱

فصل ششم ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۱۱۲

۶- ۱- مرور مراحل فایل……………………………………………………………………………………………………………………………………..۱۱۳

۶- ۲- ارزیابی میزان موفقیت روش پیشنهادی……………………………………………………………………………………………………….۱۱۴

۶- ۳- کاربرد روش پیشنهادی…………………………………………………………………………………………………………………………………۱۱۵

۶- ۴- مقایسه روش پیشنهادی با سایر روشها………………………………………………………………………………………………………..۱۱۵

۶- ۵- کارهای آینده…………………………………………………………………………………………………………………………………………………۱۱۸

ضمایم ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۱۱۹

بررسی کاربرد شبکه های پتری شی گرا در مدلسازی سلول
فهرست منابع و مراجع ……………………………………………………………………………………………………………………………………………… ۱۳۴